L'atelier ChIP-seq
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Cet atelier se déroulera sous forme de TP. Chaque binôme réalisera une expérience d'immuno-précipitation de chromatine
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Fixation (crosslink) du matériel
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Extraction et fragmentation de la chromatine
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Immuno-précipitation (de modifications post-traductionnelles d'histones ou de l'ARN polymérase)
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Validation de l'enrichissement par qPCR
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Les banques de séquençage seront réalisées à partir des immuno-précipitations présentant de bons enrichissements.
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Tous les aspects théoriques et pratiques du ChIP-seq seront abordés, de la fixation des cellules à l'analyse bio-informatique des résultats
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Figure 1: Nuage de mot obtenu à partir des titres des articles suite à la recherche du mot "Chip-seq" sur Pubmed
L'expérience de ChIP-seq
Le ChIP-Seq est une technique de biologie moléculaire permettant l'étude d'interaction ADN/proteine à l'échelle du génome. Elle combine l'immuno-précipitation d'une protéine d'intéret au séquençage haut-débit des fragments d'ADN co-précipités.
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Figure 2: Support d'étude et outils en épigénomique.
Gauche: Nucléosome (PDB 1aoi)
Milieu: Lame de séquençage Illumina
Droite: Séquenceur haut-débit Next-Seq 500
Figure 3: ChIP-seq for H3K27me3 in drosophila S2 cells. The snapshot is centered on the Bithorax cluster that contains the 3 homeotic genes Ubx, Abd-A, and Abd-B. These genes are repressed in S2 cells and covered by H3K27me3.
Coordinates in Mb along the chr3R (dm6).
Responsables de l'atelier :
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Benoit MOINDROT
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Pierre GROGNET
L'atelier ChIP-seq est sponsorisé et hébergé à l'Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC) sur le campus CNRS de Gif-sur-Yvette.